Mikroskop je optický přístroj a podle toho by sním také mělo být zacházeno. Při nesprávné manipulaci může dojít k nenávratnému poškození např. optické soustavy. Před prvním použitím si řádně přečtěte návod a instrukce k jeho používání. Vyčleňte si na mikroskop místo, kde nehrozí, že by se stala nějaká nehoda. Měl by vždy stát na rovném a pevném povrchu. Pokud jej nebudete delší čas používat, přikryjte jej např. igelitem a úplně nejlépe, pokud jej uložíte do krabice. Samozřejmostí je, že po každém použití vyčistíte jak podložní, tak krycí sklíčko. Vyčistíte čočky, ale vždy na ně používejte speciální prostředky k tomu určené. Pokud dodržíte všechny zásady pro správnou manipulaci, ošetření a uchování mikroskopu, budete se z něj a z pozorování těšit dlouhou dobu.
Při pozorování mikroskopem se setkáte s pojmem rozlišovací schopnost objektivu, označeného písmeny N.A. Čím vyšší numerická apertura /N.A./ tím vyšší je jas pozorovaného předmětu. Důležitá je také velikost zorného pole, to se zmenšuje s rostoucím zvětšením. U mikroskopu se označuje jako polní číslo. Udává se v milimetrech jako průměr využitého zorného pole okuláru. U mikroskopu je samozřejmě také důležité celkové zvětšení. K tomu dospějete, pokud vypočítáte součin zvětšení objektivu mikroskopu a zvětšení okuláru mikroskopu. Neméně důležitou informací u mikroskopu je hloubka ostrosti mikroskopu. Tato veličina udává rozdíl mezi vzdálenosti nejbližšího místa a nejvzdálenějšího místa pozorovaného předmětu a to od objektivu.
Školní mikroskop se nepoužívá používá jen ve škole. Školní mikroskop, stejně jako dětský mikroskop je určen pro začínající pozorovatele. Můžete jej tedy pořídit dětem jako dárek a potom spolu s nimi pozorovat svět pod drobnohledem.
Dětské mikroskopy mají tělo z odolného plastu, nebo kovové, školní mikroskopy mají již stabilní kovové tělo, skleněnou optiku a většinou jsou již vybaveny LED osvětlením. U některých školních mikroskopů jsou veškeré optické prvky opatřeny několikanásobnou antireflexní vrstvou a jsou vysoce průhledné. Díky tomu je zajištěn mimořádně kvalitní obraz a dlouhá životnost bez zvláštní údržby. Některý školní mikroskop má PC okulár, která vám umožní sledovat pozorovaný objekt také na monitoru počítače. Navíc můžete obrázky z pozorování ukládat do PC, dále zpracovávat apod.